O Fundo dispõe de um Conselho de Administração que é o órgão encarregue da sua administração, composto por três membros, um dos quais o Presidente, dois vogais e um suplente.
O Conselho Consultivo do Fundo é um órgão auxiliar consultivo e de acompanhamento da gestão do Fundo, constituído pelos Presidentes das Câmaras de Comércio e do Turismo e presidido pelo Presidente do Conselho Superior.
O Fiscal Único tem as competências específicas previstas na Lei que cria o Fundo e as demais estabelecidas nas normas legais aplicáveis.
Órgão de primeira linha da estrutura orgânica do Fundo que tem por missão assegurar ao Fundo a afetação racional dos recursos humanos, financeiros e meios materiais necessários ao seu normal funcionamento, adotado, para o efeito, as melhores práticas recomendadas.
Órgão de primeiro nível da estrutura orgânica do Fundo que tem como missão, a identificação, avaliação e controlo, de uma forma global e integrada, dos riscos associados à atividade e o capital, bem como a função compliance e a gestão de continuidade do negócio.
Órgão de primeiro nível da estrutura orgânica do Fundo que tem como missão a elaboração de análises, estudos e pareceres que suportam a atuação e salvaguarda da estabilidade do Fundo, bem como a produção de estatísticas.